美國主要城市遭國際恐怖組織發動攻擊，迫使美國宣布戒嚴。空軍艦隊搭配無人自動機械巡邏系統，對民眾進行監督反恐。某天，一名巡邏機駕駛赫然發現自己因宗教信仰而被列為監測對象，因此他私自存取高機密資料，並帶著妹妹逃入紅區尋求庇護。深怕機密資料落入敵人之手的美軍高層，決定下達密令即刻追緝…
宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...