清朝乾隆年间一起国子监监生失踪案，十四岁神童马钧在号舍考试时神秘失踪，顺天府府尹王成霖负责调查马钧下落，而就在王成霖查案期间，与马钧同场考试的监生却意外被杀使得案情更加扑朔迷离。
1899年夏未秋初之季，时任国子监祭酒的王懿荣通过古董商发现了一种奇怪的龟甲骨片，出人意料的是，这些骨片之上刻有许多细腻的图案。王懿荣是当时第一流的古文字学家，初看之下，他认为，这是一种消逝已久的古老文字。 在此之前，人们对中国历史的认识只能局限在公元前841年，这一年，中国开始有史官所记录的明确历史。但是如今，在龟甲之上的图案，竟似比已知的中国最古老的文字还要古老。那么，它们的身上，是否记录了中国更为古老的历史呢？王懿荣开始对这些龟骨进行深入的研究。殷商王朝的文字记录就此拉开神秘的一角。
边塞长大的太尉之女桑祈为了完成哥哥遗志，因一场荷包之约，进了国子监成为史无前例的唯一女弟子，跟清冷傲娇司业晏云之从师生斗法到情投意合，携手读书习武，查旧案锄奸佞，最终阻止了桑祈的青梅竹马、腹黑公子卓文远的阴谋，保家卫国，并实现了国子监广开门庭男女平权读书的理想。
北宋年间，国子监广文馆中，接连发生学生手持一朵芙蓉花，七窍流血而亡的离奇案件，而京城有名的纨绔子弟郭元景、刘庆、张大能则被列为重点怀疑对象，三人不甘心被人白白冤枉，于是与一名美丽的异族少女组成破案小组，调查命案，却被卷入了一场更大的阴谋。