Season2では、吉宗の遺志を継ぎ若き医師たちが赤面疱瘡撲滅に向けて立ち上がったその後の物語から、幕府の人々が江戸城無血開城のために奔走した幕末・大政奉還までが初めて映像化される。
昭和125年……突然の石油枯渇から50年、化石燃料で動く自動車や飛行機は全て使い物にならなくなり、世界は電気で走る鉄道社会となっていた。 鉄道王として世界の経済の中心を担う「旋風寺コンツェルン」の若き総帥「旋風寺舞人」は、父「旭」の遺志を継ぎ、超AIを搭載したロボットたちによる無国籍救助隊「勇者特急隊」を結成。かつて東京湾と呼ばれた場所に築かれたヌーベルトキオシティにうごめく悪に対し、颯爽と戦いを挑んで行く。